Suatu masa dahulu Pejabat Agama
Islam dan Mahkamah Syariah adalah satu entiti yang sama.
Akan tetapi pada tahun 1990an, Mahkamah
Syariah diasingkan dari pentadbiran Pejabat Agama Islam dan mempunyai
pentadbirannya sendiri.
Akan tetapi kekeliruan masih
tidak dapat dielakkan kerana sehingga ke hari ini terutama di daerah-daerah,
kebanyakkan Mahkamah Syariah masih berkongsi bangunan dengan Pejabat Agama
Islam.
Kerajaan sedang dalam usaha mewujudkan
bangunan pentadbiran untuk Mahkamah Syariah yang berasingan dari pejabat agama
Islam dan yang paling terbaru berjaya didirikan pada 2013 adalah Kompleks
Mahkamah Syariah Negeri Melaka di MITC.
